Президент России.

По мнению ряда экспертов и политиков, Болотное дело — личная месть Путина участникам марша 6 мая за сорванную инаугурацию 7 мая 2012 года. Об этом говорили, в частности, Александр Подрабинек, Илья Яшин, Надежда Толоконникова, Human Rights Watch.

На пресс-конференции 19 декабря 2013 года Путин призвал перенести разговор о «Болотном деле» «из эмоционально-политической сферы в юридическую». В ответ на замечание Екатерины Винокуровой об обвинительном уклоне судов и фальсификации политических дел Путин сказал, что это «проблема не только нашей страны». По его словам, «везде есть ошибки» следствия.

Амнистия по статье 318 УК (применение насилия к представителю власти) привела бы к хаосу, считает Путин. Либеральная интеллигенция оправдывает нападения на полицейских, заметил глава государства. Между тем «несложно представить ситуацию, когда выйдут на улицу националисты и начнут молотить эту либеральную интеллигенцию». «Она скажет: караул, рятуйте, громадяне! (спасайте, граждане! — Укр.)», — заявил Путин. Ответственность власти — в том, чтобы никому не было позволено грубо нарушать закон, заключил он. По словам Путина, именно поэтому амнистия не была объявлена для обвиняемых в нападении на представителей власти и организации массовых беспорядков (ч.1 ст.212 УК).

Комментируя итоги общественного расследования Болотного дела, Путин заметил, что виновность или невиновность обвиняемых может установить только суд. То, что члены общественной комиссии и международные эксперты пришли к выводу о неправомерном применении силы полицией и невиновности узников Болотного дела, Путин назвал личным мнением сопредседателя РПР-ПАРНАС Владимира Рыжкова.

9 декабря 2013 года Путин внёс в Госдуму проект амнистии, приуроченной к 20-летию Конституции. Из фигурантов Болотного дела были амнистированы те, которым вменяется только ч. 2 и ч. 3 ст. 212 «Массовые беспорядки». 17 декабря постановление об амнистии было принято Госдумой, были прекращены уголовные дела в отношении Владимира Акименкова, Марии Бароновой, Николая Кавказского, Леонида Ковязина, Дмитрия Рукавишникова.

19 сентября 2013 года на заседании клуба «Валдай» Путин заявил о возможной амнистии для обвиняемых по Болотному делу. «Я этого не исключаю, но надо дать возможность просто довести все необходимые процедуры до логического юридического завершения», — заявил он. Путин отметил, что решать, были ли на Болотной площади массовые беспорядки или нет, должны следователи и суд. «Я не хочу давать никаких определений юридического характера», — добавил он. Вместе с тем Путин заявил, что государство будет жестко пресекать нарушения общественного порядка и нападение на полицейских. «Нельзя призывать к избиению или нанесению телесных повреждений сотрудникам внутренних дел, когда глаз им хотят выколоть, или призывают бить по голове, срывают погоны. Вы знаете, до чего это может довести в любой стране, тем более в России», — сказал Путин.

6 мая 2013 года пресс-секретарь Путина Дмитрий Песков заявил в эфире телеканала «Дождь», что Путин в курсе митинга на Болотной площади и знает о следственных действиях по Болтному делу. «Президент в Кремле. Безусловно, он проинформирован о всех событиях, которые происходят, в том числе об этом. Президент в курсе того, что год тому назад имели место беспорядки, которые тщательно провоцировались. Он в курсе того, что полиция и следственные органы ведут следственные действия в отношении тех, кто мог иметь причастность к провокационным действиям. Есть специальные надзорные органы, и нет оснований никого обвинять в субъективности», – сказал Песков.

31 июля 2012 года Путин ответил на вопросы, касающиеся Болотного дела и активистов, которые даже не были 6 мая на на Болотной площади, но оказались задержаны по Болотному делу: «Что касается массовых выступлений, хотел бы обратить ваше внимание на следующие моменты. А. Они имеют на это право. Б. Государство должно им это право обеспечивать. Но при этом они должны вести себя в рамках закона. Любая деятельность, где кидают камни в полицию, нападают на них, — такое надо давить в зародыше. Мы не допустим таких выступлений», — заявил Путин.

8 мая 2012 года депутат Госдумы Илья Пономарёв спросил у пресс-секретаря Путина Дмитрия Пескова, не перебрал ли он лишнего, когда сказал на «Дожде» о том, что полиции надо было действовать жестче 6 мая. Песков ответил: «Еще слишком мягко сказано было. За раненого омоновца надо размазать печень митингующих по асфальту».