1 марта 2013 года Следственный комитет попытался объявить Таргамадзе в международный розыск по линии Интерпола. Однако Интерпол отказался выдать ордер на арест, так как счел преследование Таргамадзе властями РФ политически мотивированным. Об этом говорится в письме генерального секретаря международной полиции Рональда Нобла на имя президента Грузии Михаила Саакашвили, который просил разъяснить статус Таргамадзе после того, как российский суд заочно арестовал грузинского парламентария.

14 февраля в рамках расследования Болотного дела объявлен Следственным комитетом России в федеральный розыск.

10 января 2013 года следственный комитет заявил об объединении Болотного дела и дела «Анатомии протеста-2″ в общее производство. Следователи сообщают о том, что, по их мнению, эти преступления совершены одними лицами.

В октябре 2012 года в эфире телеканала НТВ был показан документальный фильм «Анатомия протеста-2», в котором утверждалось, что Таргамадзе, которого журналисты НТВ назвали «конструктором цветных революций», якобы руководил действиями Сергея Удальцова и других российских оппозиционеров и планировал с их помощью добиться насильственной смены власти в России. Комментируя фильм, Таргамадзе заявил, что сочувствует российской оппозиции, однако свое знакомство с Удальцовым опроверг.