19 декабря 2013 года амнистирован, освобождён из-под стражи в зале суда. Уголовное дело в отношении Ковязина прекращено.

19 ноября 2013 года судья Наталья Никишина продлила арест до 24 февраля 2014 года

20 июня 2013 года жалоба Леонида Ковязина поступила в Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ). Ковязин направил жалобу в ЕСПЧ в феврале 2013 года, став седьмым фигурантом «болотного дела», который обратился в Страсбург.

10 июня 2013 года Леонида перевели из СИЗО № 4 (Медведь) в СИЗО № 2 (Бутырка).

6 июня 2013 года начались предварительные слушания по «Делу двенадцати» в рамках Болотного дела. Рассмотрением занимается председатель Замоскворецкого суда Москвы Наталья Никишина. Продление ареста на 6 месяцев до 24 ноября 2013 года.

23 мая 2013 года защита Леонида Ковязина получает обвинительное заключение по «Делу двенадцати», дело выделенное из «большого» Болотного дела. Объем обвинительного заключения составил 2 804 лист.

26 апреля 2013 года следственный комитет завершил расследование уголовного дела в отношении Леонида Ковязина и передал материалы в прокуратуру.

3 апреля 2013 года МосГорСуд рассмотрел апелляционную жалобу на продление меры Леонида. Решение судьи — жалобу отклонить, арест оставить в силе.

28 марта 2013 года в СИЗО-4 «Медведь» состоялась свадьба Леонида и Евгении Тарасовой.

4 марта 2013 года в Басманном суде рассматривалось дело Леонида. «Так Вы не работаете, холосты и живете в другом городе,» — основания следователя Быкова для продления ареста. Судья Демидович продлила арест до 6 июля 2013 года.

30 ноября 2012 года защита получила уведомление от следствия об окончании следственных действий. Потерпевшие начали ознакомление с материалами дела.

28 ноября 2012 года МосГорСуд рассматривал кассационную жалобу на арест. Адвокат Руслан Чанидзе добавил ходатайства об изменении меры пресечения Ковязину от многочисленных СМИ (Лента.ру, Афиша, Коммерсант, Грани, New Time, Новая газета, Свободная пресса в лице Шаргунова, Эсквайр; отдельные журналисты). Судья сообщила, что ходатайства оформлены ненадлежащим образом, из всех ходатайств к делу были приобщены только два — от «Граней» и «Эсквайра». Судья Полякова оставила арест в силе.

14 ноября 2012 года следствие предъявило официальное обвинение в окончательной редакции. В деле появился еще один человек, который опознал Ковязина. Следствие заявило, что фигурант на Болотной площади «уничтожил» 6 туалетов.

31 октября 2012 года в Басманном суде состоялось рассмотрение дела Ковязина. Прокурор назвал основанием для ареста то, что Ковязин не явился добровольно в следственные органы и не признался в совершении преступления. Судья Карпов удовлетворил ходатайство следствия и продлил срок содержания под стражей до 6 марта 2013 года.

1 октября 2012 года МосГорСуд принял решение отказать Леониду в обжаловании меры пресечения без озвучивания оснований своего вердикта.

7 сентября 2012 года председатель Басманного суда Ольга Солопова удовлетворила требование СК об избрании для Леонида Ковязина меры пресечения в виде заключения под стражу до 5 ноября 2012 года. Ему предъявлены обвинения по ч. 2 ст. 212 УК РФ (участие в массовых беспорядках). Основание для выдвижения обвинений — показания свидетелей, опознавших Леонида, и видео-ролик, на котором Ковязин в течение одной секунды появляется в кадре, прикасается к кабине перевернутого био-туалета и убегает.

6 сентября 2012 года в Басманном суде состоялось заседание суда по избранию меры пресечения для Леонида Ковязина. Впервые за все время разбирательств по «Болотному делу» судья Скурдина не удовлетворила ходатайство СК об аресте обвиняемого. Судебное заседание было отложено на следующий день.

5 сентября 2012 года Ковязин был задержан в Кирове сотрудниками московского Следственного Комитета по подозрению в участии в массовых беспорядках 6 мая на Болотной площади. В квартире и на рабочем месте Леонида был произведен обыск, после чего был доставлен в Кироский ОБОП № 6. Адвокат РосУзника в Кирове Алексей Лапин не был допущен к задержанному.